Minħabba li l-molekula tagħha fiha rabtiet N-S, Kathon jeżerċita l-effett batteriċida tiegħu billi jkisser ir-rabtiet fil-proteini batterjali u tal-alka. Mal-kuntatt mal-mikro-organiżmi, jinibixxi malajr it-tkabbir tagħhom; dan il-proċess ta 'inibizzjoni huwa irriversibbli, li jwassal għal mewt taċ-ċelluli mikrobjali. Qabel il-mewt taċ-ċelluli, il-mikro-organiżmi trattati Kathon-ma jistgħux aktar jissintetizzaw l-enzimi jew inixxu sustanzi tal-bijofilm li jwaħħlu. Billi jippenetra l-bijofilm li jeħel mal-wiċċ tat-tagħmir tas-sistema tal-ilma kiesaħ, Kathon jikkontrolla b'mod effettiv il-mikro-organiżmi taħt il-bijofilm.
Bħala derivattiv ta' isothiazolinone, l-interazzjonijiet ta' Kathon ma' diversi batterji ġew studjati b'mod estensiv. Bħala kompost eteroċikliku, il-mekkaniżmu batteriċida tiegħu huwa primarjament mhux-ossidattiv, jiddependi fuq il-porzjon attiv tal-eteroċiklu biex jifforma bonds tal-idroġenu mal-bażijiet tad-DNA fi proteini batterjali, jassorbi fuq iċ-ċellula batterika u b'hekk ifixkel l-istruttura tad-DNA, li jagħmilha ma tkunx tista' tirreplika u twassal għall-mewt taċ-ċelluli.
